Simone该片主要讲述了在碇原堂急于实施人类补完计划的过程中，SEELE与NERV之间展开的激烈斗争。
剧情承接TV动画版第24集——
第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称局亩战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
碇真嗣杀死了渚薰以后，无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击。精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗。
为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束，而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是什么？
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。
之后，律子被源堂射杀。根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚。“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。
扩展资料：
角色介绍——
1、绫波丽
简介： EVA零号机的驾驶员，在该剧中，她成了第二使徒莉莉丝的灵魂。为了与碇唯再会而被碇源堂制造出来的她，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束，而已感到自我灵魂存在的丽的抉择却不如碇源堂所想。
3、惣流·明日香·兰格雷
简介： EVA二号机的驾驶员。在该剧中，受到了刺激，精神崩溃并失去生存意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的时候，她感受到了EVA机中母亲的存在。突破了心之桐信森障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗。
4、碇源堂
简介： NERV的司令官，碇真嗣的父亲，也是在该剧中，整个“人类补完计划”和EVA研究计划的负坦租责人，卵化亚当的持有者。为了与他死去的妻子碇唯再会他制造出了绫波丽，在约定之时，他和绫波丽来到了NERV底层中央教条的红色水池边。但是已经感到自我灵魂存在的丽的抉择却不如碇源堂所想。
