Simone磷酸二酯键是磷酸基同时与前后两个羟基形搭氏成酯键，故称磷酸二酯键。而3,5-磷酸二酯键是前一个核苷酸的糖基中的3碳上'—OH（羟基）和后一个核苷酸的5'—磷酸基形成酯键，所以称“3,5-磷酸二酯键”。以此方式依次连下去，形成多核苷酸链，即核酸大分子链。
在上图知老散中，上面一个虚线框就是3,5-磷酸二酯键，而下面的那个小蓝圈指的是核糖基上的第3号碳上的羟基。这个羟基是用来与下一个核苷酸上的磷酸基（没画出来）形成3-磷酸酯键的。
先看核苷酸的结构式：
在呋喃形式的核糖基上，从氧开始，顺时针看，与氧相连的碳是1号碳（连有一个碱基），顺序数到与氧在另一侧相连的碳是4号碳。核糖基的第5号碳“飘”在呋喃环的上面，并与磷酸基形成一个磷酸酯键。这个磷酸酯键就是5-磷酸酯键。
当核苷酸连成核酸链时，是一个核苷酸上的磷酸的一个“-OH”与另一个核苷酸上核糖基3号碳上的羟基（“-OH”）之间脱水，形成一个酯键，叫3-磷酸酯键。
因为此时这个磷酸基已经与一分子核糖形成了一个“5-磷酸酯键”了，再与另一分子核苷酸形成的磷酸酯键是该磷酸基形成的第二个酯键，位置是第二个核苷酸的第3号碳上，所以叫“3,5-磷酸二酯键”。
明白了磷酸基与哪一个核苷酸上的核糖基的哪一个碳形成的酯键，就能准确找到3,5-磷酸二酯含孝键了。
