Simone战胜蚩尤后，上古神器落入人间，其中伏羲琴被敦煌千佛所保管。
尽管伏羲琴不是神器之首，但其能够操控心灵的力量使许多人前往寻找，但大多数人无功而返。敦煌千佛为了不让伏羲琴落入企图夺取伏羲琴以成就野心的人手中，依靠它能够支配纤液万物心灵的力量，令任何前来寻找伏羲琴人都会因精神崩溃，大脑剧痛而死。
春秋时期，七曜使者为复活慕容诗找来伏羲琴，放入天女白玉轮中。事后没有交代石与琴的去向，另有来自另外的历史（七曜使者的不存在的历史）中代替伏羲琴的伏琴心法，清戚只用于控制他人，不敌神器。
三国时期，毁正物横艾（笙仙子）找来伏羲琴抹去了世人心中关于飞羽部队的记忆，随后推测还返回敦煌。
隋朝时期，为了封印天之痕，宇文拓将伏羲琴从敦煌取出，列成“失却之阵”。成功封印天之痕后，古月圣将大隋郡主，即西方女魔将——独孤宁珂的灵魂注入伏羲琴中，为了净化她的灵魂以完成她的愿望，由宇文拓带往西方，自此不知去向……
