Simone无论是日迅空版的5条不同的故事路线还是美版的单一故事路线，其总体剧情大致相同。
皇牌空战3中的USEA大陆已经统一为一个整体的国家，而某些大型企业已经达到富可敌国的地步，因此该作的战争不是国家之间的战争，而是企业之间的战争。
在日版的5种不同的路线中，如果加入General Resource，玩家将代表General Resource攻击Neucom；而如果加入Neucom，玩家将代表Neucom攻击General Resource；如果留在UPEO，玩家将代表UPEO在General Resource和Neucom之间调和，一会儿帮助General Resource攻击Neucom，一会儿反过来帮助Neucom攻击General Resource。但无论玩家在哪一方势力，最后都将代表各自的势力消灭Ouroboros，即使后期玩家加入Ouroboros，也会识破其阴谋而反过来消灭它。
日版和美版欧版的大致剧情如下：
由于Neucom的运输机多次在规定的USEA的禁飞区内出现，UPEO出动把其击落，此举令Neucom Inc向General Resource宣战。 UPEO部队联同General Resource的协助，抵挡Neucom的攻击，但当General Resource反过来向Neucom发动攻击时，UPEO又保谈纯卫Neucom。
经过多次拉锯战之后，一个叫Ouroboros的组织公开承认他们是这次战争的幕后主脑，而UPEO的总司令也是Ouroboros的人，Nemo一直被利用来增加两个公司之间的纠纷，Nemo要毁灭Ouroboros。在最后一战中，Ouroboros成功被毁灭，其中两架飞机逃脱，Nemo追向其中一架飞机X-49 Night Raven(Rena)，把含昌咐其击落。另一架飞机UI-4054 Aurora则由General Resource的Dision驾驶，最后Dision被击落，战争结束。
这场战争后来被称为“企业战争”（Corporate War）。
