Simone绿色和平组织声称自己“坚持非暴力手段，在不侵犯人身和财产的原则下，和平地从事理想中的环保事业”。但他们的所言和所行就不大一致。
1997年4月7日，在大西洋东北部海域，绿色和平组织成员破坏了一艘油气勘探船的海上设备。一名参加行动的绿色和平组织成员说道：“破坏勘探设备行动很危险，但是石油公司没有把气候问题置于商业利益之上，我们就要替他们来做。”
2000年3月23日，绿色和平组织的抗议者闯入香港港岛西废物转运站，当中约三十名人士攀上一艘运载废物的货柜船，展开静坐，抗议香港在附近的坚尼地城焚毁废物垃圾。但他们所抗议反对的焚化炉已在1994年关闭，2000年时香港已经完全不使用焚毁方式处理城市生活垃圾。而那次绿色和平组织运人到香港的“彩虹战士号”轮船，同时带去了大约十吨废油和三立方米普通垃圾，要靠香港纳税人出钱让港府去处理。
2011年2月11日，绿色和平组织的示威者破坏西班牙一所核电站的围栏，爬到核电站冷却塔上，迫使电站紧急停止运营。这种紧急中止对于核电站来说，只要一不小心，灾难就接踵而至。绿色和平组织罔顾当地民众和电厂职员的安危，特地这么做，将他们作为人质来要挟电厂停工、政府资助其所推销的其他新能源方案。
2011年7月14日，绿色和平组织的示威者们，闯入了一个坐落于澳大利亚堪培拉的试验农场。这个农场种植了半公顷可以降低血糖系数、改善肠道健康并提高营养价值的小麦，就因为这些小麦是转基因实验铅此麦种，而绿色和平的示威者们就罔顾自诩的“不侵犯财产”原则，翻过农场的围栏破坏了它们。
2011年6月10日，荷兰阿姆斯特丹地方法院做出判决，对绿色和平组织成员发布禁制令，要求其不得对凯恩能源公司在格陵兰海岸的合法业务进行干扰。此前，绿色和平的小艇曾开到了该公司的海洋钻井平台下方，并阻止钻井平台的正常工作。这一切都是因为绿色和平认为“北极一旦发生石油泄漏，将无法清理干净”，而凯恩能源却没有公布漏油应急预案。
2011年7月21日“绿色和平”组织成员涉嫌非法毁坏CSIRO的财产，澳大利亚警方于21日上午突袭并封锁了“绿色和平”的悉尼总部，但并未逮捕任何人。国际植保协会（CropLife）谴责“绿色和平”的袭击破坏行为，称他们在阻碍有价值的科学研究。 1995年，绿色和平组织得知壳牌公司被批准将废置的布兰特史帕尔储油平台沉入北海深埋。当年夏天，绿色和平组织成员就占据了这座位于英国与挪威之间海域的石油平台，目标是阻止壳牌公司沉埋或移动它，绿色和平的德国分部还提出将占领期限由几个星期延长到几个月。当年5月到6月，运动在欧洲，特别是德国形成了相当大的势头，当地壳牌加油站甚至被绿色和平鼓动的示威者纵火。
6月，在巨大的压力下壳牌公司声明放弃对于平台的深海处理方案。随后的独立调查发现，布兰特史帕尔储油平台在废置前已经过彻底清理，除了一堆废铁以外，并没有绿色和平组织声称的有毒与放射性废弃物。尽管绿色和平组织承认错误，但依然公开表示不改变反对壳牌深海沉埋方案的立场。而早在1987年，绿色和平组织无法修复的原“彩虹勇士号”轮船就被沉入新西兰海湾，成为一个人造礁。同是一大堆废铁，布兰特史帕尔储油平台被沉埋，就被绿色和平组织说成是“壳牌公司将北海当作自家垃圾场”；“彩虹勇士号”被沉埋，就被绿色和平组织自诩为“有利于海洋生态的人造岛礁”。
绿色和平组织虽非恐怖组织，但生态恐怖组织的思想资源与绿色和平组织“人类在地球可有可无”的极端滚碧思潮也只是五十步和一百步的区别。在彼得·李斯特的研究著作《激进环保主义：哲学与策略》中提到，绿色和平组织拍摄的影片使“公众对极端环保行为的道德态度软化，对‘非常规’的环保策略接受度也有所增加。”接受了这种理念的绿色和平信徒，更容易相信生态恐怖组织“为了至高的野生动物和植被的生命，放火扔炸弹都不算什么”的信条。普瑞格出版社2006年出版的《生态恐怖主义：极端环保与动物解放运动》中提到，那些热衷于纵火、打砸大激举、暴力伤人的生态恐怖分子“经常是从和绿色和平组织抱有相同想法的人群中招募”的。 绿色和平组织除了经常暴力破坏他人私产，也常被揭出造假说谎。绿色和平组织一直声称在21世纪前五十年到七十五年，地球上的物种将会灭绝一半以上。但长年投身于环保事业的科学家比约恩·隆伯格在《多疑的环保主义者》一书中提到，他曾多次公开向绿色和平组织指出这一结论的错误：在科学上能站住脚的至为悲观的估计数据，也不过是五十年内地球物种会消失百分之零点七，相比一半的比例是天差地别。绿色和平的丹麦分部负责人不得不承认组织内部接受比约恩·隆伯格的指正，但绿色和平总部的官方生物多样性报告仍然坚持原先错误的论点。在挪威媒体公开质问绿色和平的挪威分部后，绿色和平组织挪威分部负责人不得不举行记者招待会，接受指责并声明“在重新评估之前的数据”，但同时说：“如果大多数人都不信世界随时会面临生态灾难，那他们就不会严肃对待环保组织了。”意思就是说，绿色和平编谎是为地球命运，不要太过苛查他们的观点有几分可信。
2007年，一项绿色和平资助、法国人塞拉利尼完成的研究结论声称，孟山都的转基因大米MON863会对实验用鼠的一些生理指标产生不利的影响。两年以后，同一研究组又用类似方法试图证明孟山都的另一种转基因大米MON810也会损害实验用鼠的健康。这两项研究发表后，一个由六位来自不同领域科学家组成的专家小组在《食品化学毒物学（Food and Chemical Toxicology）》上发表论文指出，塞拉利尼自己并没做任何实验，而仅仅带偏见地选择性引用了部分孟山都公布的实验数据，并采用了错误的统计方法，得出了错误的结论。 此后，欧盟食品安全局和澳大利亚新西兰食品标准局也否定了塞拉利尼的论文。 2014年4月11日夜9时许，绿色和平组织中国资深项目主任赖芸等三人潜入华中农业大学位于海南陵水的水稻基地试验田，偷窃水稻材料，被基地师生现场抓获。绿色和平组织作为国际知名的NGO组织，竟然做出这种没有底线，偷窃试验材料的事情。不管出于何目的，这种公然违反国家法律的行为都应该受到严厉的谴责和法律的制裁。
当天晚上9点40分左右，基地看门的赖师傅发现，有人在试验田偷窃材料。这时，科研人员冲出基地，抓到的正是下午的一男一女。“两个人从我们的田埂上来，远处还有一个人在把风。女的把偷到的材料藏在衣服里面，非常明显。”张庆路说。基地工作人员发现了三包B5纸张大小的自封袋，里面装有种子和叶片。严建兵说，一开始，这3名不明身份人员拒绝透露其所属单位。但在工作人员一再逼问下，对方才表示：“我们是绿色和平组织的，怎么地吧！”
严建兵发布博文后，当事人赖芸与其所属的绿色和平组织先后在微博上进行了回应。其中，绿色和平组织声称，该组织的确存在派人前往水稻基地采取行动的情况，但前提是水稻育种基地本身存在问题。微博中，该组织将获取水稻稻叶和稻穗的行为称作“暗访调查”。值得注意的是，严建兵在博文中指出，绿色和平组织一行人“从我们田埂上上来”，而绿色和平组织则称“并没有进入围墙”。最后在网友几度质疑下，他们才承认，其人员确实在育种基地内“取样”，并表示这是“调查需要”。
2014年5月5日，农业部向全国各转基因研发单位下发《农业部办公厅关于严防转基因试验材料流失的通知》，要求“严防转基因材料遗失和被人恶意扩散，避免我国科研核心机密和种质资源材料被窃取，给国家造成不可挽回的损失”。 严建兵认为，农业部的通知文件对推动整个事件有重大的正面意义。据他透露，国家安全局已介入此事进行全面调查，调查进展和结果还需等待，但毫无疑问，一旦该事件中的实验材料被定性为国家科研机密，涉事人员将因窃取国家机密而被有关部门严肃处理并承担法律责任。针对农业部发出的这份文件，中国科学院遗传与发育研究所研究员朱祯做了解读。他提到，绿色和平组织是一个境外组织，其盗窃水稻材料的性质，在农业部的文件中已经被明确定义；除了盗窃本身的问题之外，它还跟国家的一些法律相抵触。国外曾发生过类似事件，当局均立案调查，同时对当事人采取了限制出境、行为监控等严格措施。相较于中国相关部门的反应，朱祯认为，我们的相关部门会经过较长时间的调查，但最终应该采取果断措施、进行严肃处理。 绿色和平一直受到政府，工业界，甚至其它环境组织的非议。它被法国特别部队轰炸过，因非法侵入这一类小罪被逮捕过。组织的管理机制和它使用的非暴力直接行动（某些被认为是非法的社会扰乱行为：例如示威者用锁链将自己和雀巢公司的货车锁住，阻塞其工厂）是受争议的主要来源。另一方面，也有人觉得绿色和平太过主流化。海洋守护者领袖Paul Watson曾经称之为“环保运动的雅芳小姐”，一位它们逐家逐户的筹款是依赖于媒体故意曝光的配合，媒体总是把绿色和平的名字放在首页以增加其曝光度。
有时，绿色和平更为达到目的而渲染夸大。1975年秋天，绿色和平带着记者团去拍摄爱斯基摩人猎取海豹的“残酷镜头”。绿色行动组织的时任总裁罗勃特·亨特曾指“如果不禁猎，格陵兰海豹将在五年内绝种。”在新闻媒体炒作、欧美电影明星和政治人物支持下，1983年欧洲议会在压力下宣布禁止幼豹皮在欧洲出售，令整个海豹的皮毛市场崩溃。但加拿大野生动物基金会会长说：“我们并不担心格陵兰海豹会绝种。”受委托调查的人道机构，也发现猎杀海豹的方法并非不人道。加拿大北极圈的猎人因为断了生计，11年内有152人自杀。
两位绿色和平的批评家分别是：冰岛电影摄制者马格努斯·格维兹蒙兹松（Magnus Gudmundsson）和帕特里克·摩尔。格维兹蒙兹松是支持捕鲸的纪录片“在北方极地生存”的导演，他把焦点集中于反捕鲸和捕海豹所带来的社会影响。摩尔是前国际绿色和平主席，主要针对保护英国哥伦比亚森林的斗争。 绿色和平的支持者说，格维兹蒙兹松和摩尔像许多批评家一样，都是接受了相关工业界的可观报酬。有时候，某一运动的科学或事实基础备受非议，特别是Brent Spar石油平台事件。在该事件中，绿色和平地进行了一次成功的斗争，他们占领了Brent Spar并实现了联合抵制，迫使平台的所有者英荷皇家壳牌拆除了平台而不是在上面钻空。后来，人们普遍认为从环保的角度来看，Shell也有权在那里钻空。绿色和平片面地把事件放在油量和在结构上可能遗留的未经证实的污染上。
2003年9月，Public Interest Watch(PIW)向国内税收部控诉，称绿色和平的捐税收入是不准确和违反法律的。PIW称，绿色和平以非盈利捐赠名义代替慈善和教育用途。PIW希望IRS对这宗控诉展开调查。绿色和平否认这一控诉并要求PIW透露它的基金会成员，PIW执行理事Mike Hardiman拒绝了这一要求。绿色和平的慈善组织身份从1989年开始在加拿大被废除。2006年3月，方舟子因315消费者权益保护日为北京科技报撰文，质疑该组织反对转基因食品的研究是在借环境保护之名，行阻碍科学之实。
绿色和平组织前主席帕特里克 · 摩尔在多处文章和演讲中都提到，他的前同事们现在“完全拒绝主流政治共识与可持续发展的思潮，更偏爱持续的对抗和与日俱增的激进主义而非对话。他们将环保运动带入了一个由零宽容和极左翼思想引领的时代。”
陷入环保激进主义的绿色和平组织成员将人类完全当做地球之癌症，他们推崇赫伯·哈默的一句话：“在生态系统的所有组成部分中，只有人类是完全可有可无的。”这些人也反技术，所有大机器都被认为是天然有害的，技术只能为完全无用的东西背书。绿色和平组织也反贸易，不止是自由贸易，而是所有贸易。所有企业无分大小都是贪婪、邪恶与腐败的化身，与绿色和平组织关系良好的“天然森林网络”组织公然宣布“全世界有必要采取逐步彻底淘汰的策略来消灭基于消费的资本主义体系”。总而言之，现在的绿色和平组织，其宗旨已经是反对所有人类文明取得的成就，希图建立一个伊甸园式的绿色乌托邦。在他们眼里，从化学到食品，所有工业都是“魔鬼的元素”，要消灭；从苹果电脑到金枪鱼罐头和矿泉水瓶，统统是有毒有害贻害万年的无用东西。
