Simone
程序本身通过第三方软件下载使用，未经App Store下载的软件使用时都有经过密码验证，建议将软件卸载，通过苹果商店重新安装。
软件本身未经过苹果商店授权，建议进入苹果商店后对软件授权后使用。
可能是苹果ID本身出现问题，建议注销后重新登录。
在2007年6月11日的苹果公司全球软件开发者年会上，时任苹果公司首席执行官乔布斯公布iPhone将会支持第三方应用程序Ajax，用以分享iPhone界面的外观。2007年10月17日，乔布斯在苹果公司"热点新闻"的日志中张贴一封公开信，公布于2008年2月将会提供一个软件开发工具包 （SDK） 予第三方软件开发者。
折叠SDK
iPhone的SDK于2008年3月6日正式发布。这是一个需要向苹果公司注册的免费下载软件，它让软件开发者进行iPhone和iPod Touch软件的开发，然后在“iPhone模拟器”中进行测试。然而，在支付苹果开发人员连接的会员费后才可以把研发的应用程序加和灶载及套用到真实的设备。应用程序开发者可以在软件于App Store上架时任意为自己的程序定价，而他们将获得收益的70%，而苹果公司将占收入的30%。应用程序开发者亦可以选择发布免费的应用程序，在会员费后不需要支付发布的任何费用。
折叠应用程序商店
应用程序商店于2008年7月11日连同预载了iOS 2.0的iPhone 3G一同发布，连同保养首次一同支持。iPhone用户能够免费更新，旧型号的iPod Touch用户则需要支付$10美元购买。
当开发者把程序提交到应用程序商店，苹果公司将持有严格控制权，例如软件《我很富有》，一个以美元$1，000的程序，简单地演示了用户的财富。应用程序商店让用户浏览及下载应用程序，根据不同情况，用户可免费或付款购买再下载到iOS设唤物扮备中，亦可通过iTunes下载到电脑。但苹果公司曾经被指打开一个功能来禁止第三方应用程序，但苹果公司不希望有。
折叠拒绝播客
2008年，苹果公司拒绝了播客，让用户直接下载播客到iPhone，指它在功能上与iTunes重复。此后，苹果公司发布了一个软件更新，使这功能得以使用。另一被拒绝的应用程序NetShare，让用户iPhone的流动数据能够分享给笔记本电脑或台式机来进行数据传输。自更新到iOS 3.0后，全球很多iPhone电讯商都容许分享，AT&T可算是在美国市场的后来者。大部分情况下，运营商将会向iPhone分享的收取额外服务费用。
在SDK发布前，第三方开发者被允许设计“Web应用程序”，并于Safari浏览器上运作。未签署的原生手机应用程序也可在“已破解”的手机中应用。应用程序商店以外下载及安装的原生应用程序将不能得到苹果公司的支持，原因是程序更新会使它受到破坏，苹果公司表示他们不会特别为已破解SIM卡的程序进行软件更新。
折叠程序下载量
截至2013年10月，苹果公司已通过60亿累计应用程序下载量。
iPhone为不同人士提供一个无障碍环境，例如可以把文字放大来协助视障人士和使用隐藏字幕和外置TDD设备来协助听障人士。iPhone 3GS亦有为视障人士而设的黑底白字的模式、缩放功能、VoiceOver （屏幕阅读器）、为听障人士而设的单声道功能 （适用于单耳有限听力人士）。苹果公司会根据美国法例第508条，自愿性定期发布辅助功能的模板。
2007、2010、2011年，程序开发者发布称为JailbreakMe的一系列工具，以Safari浏览器的安全漏洞来使设备能够作“越狱”，容许用户除了在App Store外，在别的地方安装任何兼容的应用程序，这些漏洞很 快就被苹果公司的iOS更新修复。然而，理论上，这些破绽可能被恶意目的侵害。
2011年7月，苹果公司发布的iOS 4.3.5 （ CDMA版iPhone的4.2.10版本），修复了一个重大的安全漏洞，并附有证书验证。
美国和英国的各情报机构，分别是国家安全局 （NSA）及政府通信总部 （GCHQ）将有机会取得iPhone的用户数据，他们几乎能读取手机中的所有数据，包括短信、位置、电邮以及笔记。
随着iPhone 5S的发布，一群蚂手名为“混沌电脑俱乐部”的德国黑客组织，宣布于2013年9月21日，他们以一些简单的手段，轻易地就能绕过苹果公司新研发的指纹感应器，就能进入手机设备进行操作。
折叠外挂镜头
2014年3月14日上午消息，拍照一直是iPhone的卖点之一，而在过去一段时间内，苹果公司获得的专利显示他们正考虑为iPhone加一个外接镜头系统。
根据苹果公司最新专利显示，他们正在考虑采用一种类似单反相机的卡口方式为iPhone装一个独立的镜头。苹果认为，这个卡扣装置比磁吸或是直接安装镜头的方式要好。它更加精准，也不会影响iPhone机身体积。
实际上，为iPhone开发第三方的镜头装置的厂商并不少，但苹果这个有机会（可能性很小）成为iPhone的标配。而苹果公司的准备也不只这一样，他们在1月获得了磁力镜头装置的专利。
