Simone· 三原山空难：1952年4月9日，一架马丁(现洛克希德马丁公司)双发螺旋桨客机由羽田机场起飞，经由名古屋、伊丹飞往福冈，在伊豆大岛的三原山坠毁。机上37人全数遇难。
· 日本航空350号班机：1982年2月9日，日本航空一架麦道DC-8，由福冈飞往东京的客机，在东京羽田机场降落时坠毁，机上载有166名乘客及8名机员，其中24名乘客遇难。
日本航空123号航班空难事件 发生于1985年8月12日，班机是波音747-100SR，飞机编号JA8119，雷达编号JAL123，搭载509名乘客及15名机组员，从日本东京的羽田机场，预定颂铅飞往大阪伊丹机场。飞机因维修不当造成飞行时尾部压力罩破裂发生爆炸性减压并失去液压操纵，飞机在群马县御巢鹰山区附近的高天原山坠毁，520人遇难，此次空难事件是世界上涉及到单一架次飞机的空难中，死伤最惨重的事故。这起空难也称“大阪空难”。在日本也它被叫做“日航机坠落事故”或“日航巨无霸机坠落事故”（日航ジャンボ机坠落事故）。
此次空难被国家地理频道制播为《重返危机现场》的“Terrified Over Tokyo” ，探索频道以部分形式制播为《空难事件簿》的“Maintenance Failure”。另外也收录于国家地理频道和探索频道均有播放的《空中浩劫》第三季第二集“Out of Control”。
日本航空触地复飞：2015年4月5日，当地时间大陪庆约11时，发自东京羽田机场的日航455航班客机在德岛机场上空下降，放下起落架准备着陆。即将落地时，飞行员突然发现跑道上有一辆汽车，正在飞机前方同向行驶，从而立即紧急拉升飞机复飞。
1952年，日本航空一架租自西北航空的Martin 2-0-2（注册编号：N93043）从东京往福冈，在三原山坠毁，机上37人全部罹难。
1968年11月22日，日本航空2号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8032）从东京往旧金山，在大雾及其他因素影响下，航机错误降落在距离跑道2.5英里（4.0千米）旧金山湾水面上，无人受伤。
1970年3月31日，日本航空351号班机一架波音727-100（注册编号：JA8315）从东京往福冈，被九名日本赤军成员骑劫，四日后全机乘客及机组人员于福冈机场及金浦机场被安全释放，劫匪最后成功流亡北朝鲜平壤。
1972年6月14日，日本航空471号班机：一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8012）从曼谷往德里，在亚穆纳河边坠毁，机上87人中之82人罹难，包括10名机员及72名乘客。
1972年11月28日，日本航空446号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8040）从哥本哈根经莫斯科往东京，在谢列梅捷沃国际机场起飞时失速坠毁，机上76人中62人遇难。。
1973年7月23日，日本航空404号班机，一架波音747-246B（注册编号：JA8109）从阿姆斯特丹经安克雷奇飞往东京，被日本赤军和解放巴勒斯坦人民阵线成员劫持至班加西，机上人员被释放后，飞机被炸毁。
1975年芦樱握12月16日，日本航空422号班机为一架波音747-246B（注册编号：JA8122）从巴黎经伦敦、安克雷奇飞往东京，在泰德·史蒂文斯安克雷奇国际机场因滑行道结冰而滑出滑行道并撞上路堤，造成机身损坏，2人重伤，9人轻伤。
1977年1月13日，日本航空1054号班机为一架道格拉斯DC-8货机（注册编号：JA8054）从安克雷奇往东京，在安克雷奇起飞不久后坠毁，机上5人及56头牛全部罹难，事后发现机长体内酒精含量超标。
1977年9月27日，日本航空715号班机为一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8051）从香港往吉隆坡，准备降落吉隆坡国际机场时撞山坠毁，机上79人中之34人罹难，包括8名机员及26名乘客。
1977年9月28日，日本航空472号班机，一架道格拉斯DC-8从巴黎经孟买往东京，被日本赤军骑劫。
1978年6月2日，一架波音747-146SR，执行从羽田飞往伊丹的JAL115航班（编号JA8119），在大阪国际机场着陆时角度过大导致机体尾部触地（日本航空115号班机事故）。
1982年2月9日，日本航空350号班机，一架道格拉斯DC-8（编号JA8061）由福冈飞往东京，机长蓄意将飞机撞毁，24人遇难。
1982年8月19日，从羽田机场飞往千岁机场的波音747-146SR（编号JA8119）。降落时，由于视野不良导致飞行员判断错误，从跑道右侧滑出，第四台引擎擦地，触地复飞。在视野不良的情况下，机长仍然允许副机长操作着陆，这是违反当时日航规定的。
1982年9月17日，日本航空792号班机，一架道格拉斯DC-8（注册编号：JA8048）从上海虹桥往东京，在虹桥国际机场起飞后9分钟出现了多个机件发出的警告，机员决定折返虹桥国际机场紧急降落，航机高速降落在36跑道并冲出跑道直到排水渠附近才停下。
1991年7月21日，日本航空009号班机为一架载有278人从芝加哥飞往东京的波音747-246B（注册编号JA8162），在奥黑尔机场西北约600公里的31000英尺高度（FL310）遭遇湍流，导致1名空中乘务员受伤。
1991年10月2日，日本航空10号班机（东京-芝加哥）为一架波音747-246B（编号JA8161），在东京一带发生进气管爆裂，机身裂开一个长1米，宽0.7米的洞，飞机放油后返航成田机场，于1992年3月修复。
1997年6月8日，日本航空706号班机为一架麦道MD-11（注册编号JA8580），由香港飞往名古屋，在志摩半岛上空因机师失误而急速下降，造成15人受伤，其中1人于事发20个月后伤重不治。
2001年1月31日，日本航空907号班机一架波音747-400D（注册编号：JA8904）从东京往冲绳及日本航空958号班机一架道格拉斯DC-10（注册编号：JA8546）从釜山往东京，在骏河湾发生空中接近事件，两机在最后一刻作出回避动作，避免了相撞，907号班机上100人受伤，958号班机上无人受伤。该事件被称作骏河湾空中接近事件。 日本航空公司2013年6月19日在东京召开股东大会，关于波音787停飞导致公司收益累计减少约39亿日元(约合人民币2.5亿元)，日航表示已开始同美国波音公司进行索赔谈判。
据报道，其间机票等收入减少65亿日元。与此同时，维护保养费等开支也减少了约26亿日元，日航最终因此损失约39亿日元。
日航在股东大会上强调，已确认波音787电池的安全性，复飞将万无一失。
