1931年7月,马识途毕业于北平师范大学生物系,随即应聘到沈阳市第三高中任教。“九一八”事变后,马识途流亡到关内,任教于山东烟台芝罘中学。任教期间,由于他积极主张抗日,于1933年末被校方辞退。1934年初,由烟台返回北平,任教于东北中学。马识途同广大有爱国主义思想的知识分子一道,在教师和学生中宣传抗日救国的道理。在他的引导和教育下,东北中学有许多学生投身于革命。1936年马识途随校迁往鸡公山。他积极向校方推荐中共北方局从事学生运动的中共党员王铁良到东北中学任教。王铁良到校不久便介绍马识途加入了中国共产党。马识途和王铁良一道,在东北中学中建立党组织。马识途亲自组织学生到京汉铁路沿线车站进行抗日救亡宣传,揭露日本侵华罪行,扩大了中国共产党的影响,激发了民众的抗日热情。西安事变爆发后,一直仇视东北中学的河南省政府主席刘峙,于13日电令国民党二十九师,以收缴校内枪支为名,搜捕进步师生。马识途被迫离开东北中学,回到北平,任第二女子中学生物教员,兼任北平中法大学生理解剖学教授。其间,他以教书为掩护,继续为党工作。
1937年4月,马识途被北平市委任命为东北特别支部宣好备烂传干事。在他的领导下,先后翻印了延安出版的《解友漏放》,中共中央北方局出版的《火线》等刊物上的有关文章和中共中央关于时局与抗日救国的重要决议等,并及时地发行到党组织、党员和进步青年学生中。同年秋,党组织调马识途到冀西抗日根据地工作。1940年8月,先后任一专署民政科科员、副科长、一专署干部学校教导主任,赞皇县县长等职务。他在主管太行滚族山区赞皇等6个县民政工作时,坚持从实际出发,带领教师开展抗日工作。
1945年8月15日,日本投降后,太行山区党组织将马识途等50多名东北籍干部,组成第一批挺进东北干部队,于同年10月到达沈阳。11月10日到达嫩江省政府所在地齐齐哈尔市,与先期到达的省委书记刘锡武、省政府主席于毅夫等一道开展建党建政和建立革命武装等工作。
1945年11月15日组成省政府时,马识途任省政府代理秘书长职务。
1945年12月24日夜,密谋杀害省政府主席于毅夫的匪徒们,在内奸的接应下,分头进入省政府大院,开枪打死了警卫战士,在混乱中,匪徒误入马识途的房间,向马识途开枪,马识途身中数弹而牺牲,享年42岁。