Simone1603年，德川幕府建立统治，长达二百六十年。第三代将军德川家光时代，建立幕藩体制。幕府燃雀之下，全国分为各藩，全国号称有“三百诸侯”。与中国相似，全国分为士农工商四级，不过此士非中国士，而是武士。德川幕府对天皇的控制超过前代幕府，包括经济上也控制很严，民间常说天皇是“欲做诗，却无纸”。
十六世纪，葡萄信歼牙人来到日本，向日本人民传天主教，饱受压迫的日本农民很快接受了天主教。幕府很快察觉天主教对统治者的严重威胁，遂大肆镇压。杀害天主教徒达二十八万之众。但这样还不能禁止人民信教，幕府一不做二不休，干脆全面锁国，自1633年到1639年连发五道锁皮坦早国令，规定全国检举天主教徒，不给天主教在日本有一点立足之地。并禁止一切西方人来日贸易，同时规定日本人在海外者不许回国，日本人不得出海。这些命令的一个副作用是，中国沿海的倭寇从此绝迹。在日西方人被隔离到一个名叫出岛的小岛，与日本人隔绝。幕府的措施取得了一定效果，自此国内表面上平安无事，局面稳定。不过，实际上，幕府以表面稳定为代价拒绝外来文明的锁国政策，使得日本民族的发展陷于停滞，十七世纪初日本出现的变革活力被窒息了。此后二百余年的德川幕府统治被后来的日本人认为是日本落后时期的代名词。
形势的稳定使得武士阶层马放南山，沉沦于游乐之中，而商人阶层崛起，大名武士皆拜在商人脚下，日本民谣说，“大阪商人一怒，天下诸侯惊惧”。而且商人还花钱买来武士刀，摇身一变成为武士。
日本锁国后，独有两国可以继续对日贸易，一是荷兰，因为荷兰是新教国家，对传教不感兴趣，只注重贸易，另一国就是中国。
同时，荷兰的实用性书籍也渐渐传入日本，在日本形成兰学，兰学与儒学和国学并立。
