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脱脱在高邮前线被贬后，元朝统治集团更加腐朽不堪，内部倾轧，军阀混战，终于到了不可收拾的地步。哈麻因阴荐西番僧“演揲儿”(意为“大喜乐”)法，深受元顺帝妥欢贴睦尔所宠，继任中书左丞相，弟雪雪拜御史大夫，妹婿秃鲁帖木儿亦受宠。顺帝终日过着荒淫无耻的生活，“怠于政事，荒于游宴”，国家大权尽归哈麻兄弟。哈麻、雪雪阴谋废顺帝，立皇太子爱猷识理达腊，并杀秃鲁帖木儿等。事泄，反被顺帝、秃鲁帖木儿定计杀掉。顺帝命搠思监为右丞相、太平为左丞相。皇太子生母奇皇后与爱猷识理达腊仍谋废立，令宦官朴不花与左丞相太平商议，太平不肯，于是宫廷内分为支持皇太子的搠思监、朴不花一派和支持顺帝的老的沙、秃鲁帖木儿一派。
元末农民起义爆发后，元军在起义军打击下土崩瓦解。但依靠地主武装起家的察罕帖木儿、答失八都鲁、李思齐、张良弼等逐渐崛起，形成了新的军阀集团。答失八都鲁在北方红巾军的打击下兵败病死，其子孛罗帖木儿继之察罕帖木儿死后，其养子扩廓帖木儿继之。这四家军阀出于争权夺利，长期以来互相攻伐不已。皇太子为了控制朝政，以扩廓帖木儿为外援，老的亏李沙等则依靠孛罗帖木儿来对抗。
至正二十四年，右丞相搠思监、朴不花指责孛罗帖木儿图谋不轨，于是就下诏削其官爵，解其兵权。孛罗帖木儿拒不从命，遣秃坚帖木儿出兵大都，顺帝不得已将搠思监、朴不花缚送给他，并复其官爵。皇太子很不甘心，命扩廓帖木儿出兵攻打孛罗帖木儿，孛罗帖木儿又出兵攻大都，皇太子战败，逃奔冀宁。孛罗帖木儿人大都，顺帝命孛罗为中书右丞相，节制天下军马，老的沙为销哪迟平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。二十五年，皇太子下令扩廓帖木儿讨孛罗帖木儿，孛罗战败。七月，孛罗帖木儿被刺死于宫中，余党被杀。九月，皇太子和扩廓帖木儿入京，命扩廓帖木儿为中书左丞相。奇皇后要扩廓逼顺帝让位，扩廓不从，请求带兵外出。闰十月，顺帝封扩廓为河南王，代皇太子总制关、陕、晋、鲁诸道兵马，出征南方。但李思齐不服。二十七年，李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯等结成联盟，与扩廓交战。十月，顺帝罢扩廓兵权，其原统军兵由白琐住、虎林赤、貊高等分别统率。另立抚军院，由皇太子总制天下兵马，专防扩廓。这时朱元璋即将北伐，元朝行将灭亡。
朱元璋领导的统一战争至正十二年，定远富豪郭子兴于濠州(今安徽凤阳东北)起义。朱元璋原是郭子兴部亲兵，以战功升为总兵。郭死后，升任左副元帅。十五年，收降部分巢湖水师，渡长江东进。十六年，据集庆，宋政权任命他为江南行省左丞相。屡败陈友谅、张士诚，势力扩展至苏、浙、皖、赣。
至正二十三年，陈友谅特制数百艘“楼船”，兵号六十万，包围洪都(今江西南昌)，守将朱文正率军死守八十五天。七月，朱元璋亲率二十万大军来救，陈友谅退至鄱阳湖迎战，这就是著名的鄱阳湖大缓御战。陈友谅大败，中流矢死。二十四年正月，朱元璋称吴王。二月，朱元璋率水陆大军征武昌。陈友谅子陈理请降。汉亡。至正二十六年五月，朱元璋发布《平周檄》。这篇檄文虽然仍用大宋“皇帝圣旨”和“龙凤”年号，却完全站在地主阶级立场上污蔑红巾军。八月，朱元璋令徐达为大将军、常遇春为副将军，率军二十万攻张士诚。徐达等先后攻占湖州、杭州、绍兴、嘉兴等地，形成对平江的包围。十一月，开始围攻平江，四周筑长围以困之。吴元年(1367)九月，城破，张士诚被俘，自缢死。
吴元年九月，朱元璋灭张士诚后，遣军分两路进攻方国珍。十一月，方国珍投降。同月，又派军南下征陈友定。陈友定本为驿卒，因袭击红巾军有功，官至福建行省平章，占有闽中八郡，一直效忠元朝，与朱元璋为敌。次年正月，朱元璋即皇帝位，建国号为明，年号洪武。同月，明兵攻取建宁，进围延平，陈友定被俘，福建平定。接着，两广也为明朝所有。
正当元朝统治下的北方处在军阀混战的时候，吴元年十月，朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军、平章常遇春为副将军，率军二十五万北伐。他再三申明行军纪律，又发布了北伐檄文，提出“驱除胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号。根据朱元璋的作战部署，徐达率军先抵淮安，攻占山东全境。洪武元年三月，徐达等进入河南，同时，由冯宗异率领的偏师克陕州，扼潼关，西略华州，以防李思齐等援兵东犯。五月，朱元璋抵汴梁，准备进军大都。闰七月，明兵会集德州，步骑舟师继续沿运河北上，下长芦，克清州，至直沽，大都震惊。七月二十八日，当明军占领通州后，元顺帝率后妃、太子逃到上都。八月初二，徐达率北伐明军进入大都，元朝政权被推翻。时扩廓帖木儿拥兵山西，李思齐、张良弼等盘踞陕西，纳哈出据守辽阳。九月，徐达、常遇春等进兵山西。十二月，扩廓帖木儿乘北平(明改大都为北平)空虚，率军出雁门关企图夺取北平，徐达等直取太原，又偷袭扩廓兵营，扩廓大败，仅以十八骑逃遁，太原失陷，山西平定。洪武二年四月，常遇春、冯宗异等率军入陕西，李思齐投降。常遇春、李文忠又率军直捣上都，元顺帝再往北逃，次年四月病死于应昌。
