圣马可教堂建筑格局遵循拜占庭风格,平面呈希腊十字形,上覆五座半球形圆顶,正面宽51.8米,有五座棱拱型罗马大门。在圣马可教堂正门的拱门上层中央,有四尊金色的跃马铜像,原是威尼斯人在公元1204年,从君士坦丁的竞技场取回来的。这四尊金色铜马,曾被拿破仑笑运拍安放在巴黎的广场,但后来又被奥地利人拿回威尼斯。从那时直到现在,它们一直都放在教堂上,象征着威尼斯的力量与权力。
在大教堂正面拱门上方,有四个大的弦月窗,在弦月窗里有17世纪时绘制的马赛克图饰,内容主要是描述耶稣的传记。观看这些马赛克图饰,最好是在日落黄昏时刻,因这时太阳的金色光线从窗外射入与马赛克的各种色彩相互辉映,形成一种美丽的景色。大弦月窗上面的哥特式顶饰,是14世纪时创建的,后来陆续有许多位雕刻家接替这项工作,这些雕刻家大部分都是从托斯卡纳来的。圣马可教堂的内部建在一个高的平台上。
在古时候,教堂和庙宇里面的地板比外面的路面高,主要目的是为了强调它们的神圣。教堂的建筑方式依照希腊十字形设计法,教堂内部的地板是用大理石铺就的,以马赛克拼饰方法镶悄卜制成的圆柱是用完整的珍贵大理石雕成的。另外,墙壁上也镶有彩色的大理石。在教堂上半部墙壁和圆形屋顶上,都镶有用黄金或玻璃制成的马赛克拼饰,这些美丽的马赛克拼饰与稍暗的教堂内部形成强烈的对比,这使它们看起来更为闪亮。
这所教堂和威尼斯的历史有很大的关系,因为威尼斯很早就和东方产生接触,因此这所教碰羡堂在建筑上深受西方及东方的影响,教堂的十字形设计法、拱门、圆形屋顶和内部装饰受到拜占庭式的影响,而基本构造则受到罗马式的影响。从这所教堂可以看出东西方两种不同文化互相影响融合的痕迹。